最近有研究發現國內下水道的抗生素濃度普遍偏高，磺胺類、四環黴素類及喹諾酮（quinolone）類抗生素濃度，分別是歐美國家的125倍、143倍及579倍。有學者認為這是民眾將藥物丟棄在垃圾桶或沖進馬桶、水槽的結果，筆者則認為這樣做會塞住馬桶、水槽，一般民眾應該不會這樣做，所以特別要注意這些抗生素可能是人體排出的。
曾有統計發現，台灣地區的抗生素有85％使用在農畜業，只有15％用於人類。國內每次抽查肉品，都會發現含非法抗生素的案例。例如2005年衛生署發現三分之一市售豬雞肉含有抗生素；2011年11月，10％的國小營養午餐檢出不應出現的氯黴素、氟甲磺氯黴素與恩氟沙星。
食品竟含抗生素
動物飼料使用抗生素，不只會訓練動物身上的細菌產生抗藥性，當這些抗生素進入人體後，也可以訓練人類身上的細菌出現抗藥性。雖然人體暴露的抗生素很微量，但微量抗生素就足以訓練細菌了。
相關單位曾發表聲明，稱現在台灣已排除人畜通用抗生素品目。但仔細檢討目前允許添加的抗生素中，有些還在人類使用，有些則有交叉抗藥性，例如四環黴素。世界衛生組織與歐美各國都意識到飼料禁用抗生素的必要性，並採取漸趨嚴格的管控策略，包括韓國在內的一些國家則規定飼料完全不能加抗生素。
台灣每年抽查，每年都發現食品含有抗生素，顯見問題一直沒有改善。上述營養午餐出現不應該出現的抗生素，更暗示非法或走私的飼料抗生素問題已經很嚴重。無怪乎台灣下水道的抗生素濃度冠於全球，也無怪乎台灣抗藥性細菌比率稱霸全世界。
因為抗藥性問題太嚴重，現在兒科的某些抗藥性細菌感染，必須用喹諾酮這類沒有兒童適應症的抗生素。健保局卻以這種抗生素沒有兒童適應症為由，不經過專業審查就全部刪除給付。有鑑於喹諾酮抗生素對兒童病患的必要性，美國兒科醫學會早就建議必要時可以使用，台灣兒科醫學會也著手努力中。
必須使用喹諾酮的抗藥性細菌感染，多為兒童重症病患。身為醫師，不忍要求家屬自費而承擔龐大藥費。只好由醫院與醫師不停面對藥費被無理核刪的現實。另一方面，健保局是有特殊案例專案申報之可能，但這類個案太多，而且所有這類申訴都被百分之百退回，根本沒有專案申報的空間。對照台灣下水道與飼料都出現喹諾酮的事實，台灣的兒童病患真可算是失落的一群。
